Das Leibniz-Institut für jüdische Geschichte und Kultur – Simon Dubnow (DI) hat die Rechtsform eines eingetragenen Vereins und ist als gemeinnützige Einrichtung anerkannt. Die Satzung des Instituts regelt die administrative Aufsicht durch das Kuratorium und die Mitgliederversammlung sowie die wissenschaftliche Beratung und interne Evaluation durch einen international besetzten Wissenschaftlichen Beirat. Als Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft wird die Grundausstattung des Dubnow-Instituts jeweils zur Hälfte vom Bund und von den Ländern getragen. Hinzu kommen Drittmittel, die das Institut für Forschungsvorhaben einwirbt.
Die Institutsarbeit gliedert sich in die Programmbereiche »Forschung« und »Wissenstransfer«. Der Bereich »Forschung« besteht aus den drei Forschungsressorts »Politik«, »Recht« und »Wissen« sowie dem »Forum«, das dem institutsübergreifenden Austausch und der Vernetzung mit der nationalen und internationalen Scientific Community dient. »Wissenstransfer« umfasst die Bereiche Publikationen, Veranstaltungen, Lehre und Bibliothek und zielt auf die Vermittlung und Diskussion der Forschungsarbeit in und mit einer akademischen wie interessierten Öffentlichkeit.
Mit der Universität Leipzig besteht eine Kooperationsvereinbarung zu Forschung, Weiterbildung und Lehre. Die vom Institut angebotenen Lehrveranstaltungen sind Teil des Lehrangebots der Universität Leipzig und der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Instituts können an der Universität Leipzig promovieren und sich habilitieren.