Im Mittelpunkt der wissenschaftlichen Arbeit des Simon-Dubnow-Instituts stehen Projekte zur Erforschung der jüdischen Lebenswelten in Mittel-, Ostmittel-, Ost- und Südosteuropa in ihren Wechselbeziehungen mit der nichtjüdischen Umwelt vom Mittelalter bis in die Gegenwart. Die von den wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern durchgeführten Projekte werden aus Mitteln des Freistaates Sachsen finanziert und konzentrieren sich auf die folgenden zentralen Forschungsschwerpunkte:
(Dan Diner, Philipp Graf, Markus Kirchhoff)
Historiographie- und Wissenschaftsgeschichte
(Nicolas Berg, Dan Diner, Arndt Engelhardt, Omar Kamil)
Kulturgeschichte, Literaturgeschichte, Ethnographie
(Lutz Fiedler, Hans-Joachim Hahn, Olaf Terpitz, Susanne Zepp)
Säkularisierung, Modernisierung und "sekundäre Konversionen"
(Sharon Gordon, Dirk Sadowski)
Migrationsgeschichte und Transnationalität
(N.N.)
Beziehungs- und Gedächtnisgeschichte
(Dan Diner, Elisabeth Gallas, Hanna Kozinska-Witt)
Im Rahmen dieser Schwerpunktsetzungen wirbt das Simon-Dubnow-Institut auch drittmittelfinanzierte Projekte ein.