Das Institut hat sich zum Ziel gesetzt, die Geschichte der Emanzipation der europäischen Judenheiten in der Neuzeit im Hinblick auf die einzelnen Staaten und Rechtssysteme auf andere Weise als in der herkömmlichen Vergleichenden Emanzipationsforschung komparativ zu untersuchen. Um Fragen innerjüdischer Transformationen aus neuer Perspektive zu betrachten, wird der methodische Dialog mit der Kulturanthropologie, Ethnographie und Psychoanalyse gesucht. Hier geht es zum einen um ein erneutes Ausloten von Erkenntniswert und Reichweite von Grundbegriffen jüdischer Verwandlung in der Moderne wie etwa „Emanzipation“, „Assimilation“ und „Akkulturation“ – Begriffe, die entweder politische und kulturelle Verwandlungen jüdischen Selbstverständnisses in der Zeit selbst beschreiben oder aber im Nachhinein den historischen Phänomenen auferlegt werden. Ausgehend von einer Historisierung dieser Grundbegriffe gilt es, neue, den Kulturwissenschaften entlehnte Begrifflichkeiten auf die jüdische Geschichte anzuwenden.
Zur Beschreibung innerjüdischer Prozesse der Verwandlung unter den spezifischen Maßgaben von Säkularisierung und Moderne bietet sich der Begriff der „sekundären Konversion“ an. Dieser dehnt das überwiegend auf Phänomene äußerer Verwandlung wie Rechtsstatus oder Habitus beschränkte Deutungsfeld der traditionellen erkenntnisleitenden Begriffe von Emanzipation und Assimilation auf die Transformationsphänomene von zentralen inneren Anteilen des jüdischen Selbstverständnisses aus – nämlich auf die Anteile des Religiösen bzw. die Embleme und Symbole des Sakralen, des Liturgischen und Rituellen sowie andere Codierungen von Religiosität. Während der Begriff der Konversion im Wortsinne die Abwendung vom eigenen Glauben und den Übertritt zu einer anderen Religion meint, will der Begriff der sekundären Konversion zunächst paradox erscheinende Stadien und Phänomene beschreiben, die zwar Annäherungen an andere Religionen spiegeln, jedoch nicht zu einem vollständigen Glaubenswechsel führen. Verwandlungen im Sinne einer sekundären Konversion lassen sich gerade dann beobachten, wenn die von Zeitumständen herausgeforderte Religionsgemeinschaft zu ihrem eigenen Erhalt den defensiven Weg der Transformation wählt. Insofern spiegeln die inneren Verwandlungen von Juden, Judentum und Judenheiten den jeweiligen Kontext wieder, in denen sich jüdische Selbstverständnisse immer wieder aufs neue „erfinden“.
Auch im Bereich sogenannter säkularer Transformationen birgt der Begriff der sekundären Konversion ein erhebliches Erkenntnispotential, etwa in der Analyse der signifikanten Verwandlung jüdischer Zugehörigkeiten im östlichen Europa. Während jüdische Religiosität in Westeuropa unter dem Eindruck des säkularen Staatsbürgerbegriffs dazu neigte, sich in eine Konfession als internalisierte Beziehung zu Gott zu wandeln, dominierte in Osteuropa infolge der Herausforderung der Imperien durch den ethnischen Nationsbegriff die Umwandlung des Judentums von Religion zu Nationalität. Diese These gilt es anhand empirischer Untersuchung zu prüfen.
Zur kulturanthropologischen Präzisierung der beschriebenen Entwicklungen wird neben dem Begriff der „sekundären Konversion“ jener der „Hybridisierung“ herangezogen. Dies geschieht in der Absicht, auch religiöse Einstellungen als einen stetigen Prozess der Verwandlung und Verschmelzung zu begreifen. Angenommen wird nicht die „ewige“ Geltung der Religion, sondern die stete Verwandlung von als sakral und somit unveränderlich geltenden Anteilen des eigenen Selbstverständnisses.